urgenceAviR

Un package conçu pour rassembler et intégrer des relevés d’oiseaux. Il facilite l’exploration interactive des données et l’évaluation des menaces pesant sur les populations d’oiseaux aquatiques au Québec à la suite d’un incident de déversement.

Installation

# Installer devtools si ce n'est pas déjà fait
install.packages("devtools")

# Installer urgenceAviR depuis GitHub
devtools::install_github("insileco/urgenceAviR")

Lancement de l’application

L’application peut être lancée selon trois modes différents:

Mode 1: Local avec dossier de données préconfiguré

Utilisez ce mode pour travailler en local avec un dossier de données spécifique:

# Définir le dossier contenant les fichiers de données
urgenceAviR::set_datasets_folder("path/to/files")

# Lancer l'application
urgenceAviR::run_app()

Mode 2: Local avec configuration du dossier de données (production)

Utilisez ce mode pour un déploiement local en production où le dossier de données est configuré dans inst/golem-config.yml:

# Activer le mode production
Sys.setenv(R_CONFIG_ACTIVE = "production")

# Lancer l'application sans téléversement de fichiers
urgenceAviR::run_app(file_upload = FALSE)

Mode 3: Cloud avec téléversement de fichiers

Utilisez ce mode pour un déploiement cloud où les utilisateurs téléversent leurs propres fichiers:

# Activer le mode production
Sys.setenv(R_CONFIG_ACTIVE = "production")

# Lancer l'application avec téléversement de fichiers
urgenceAviR::run_app()

Note: La taille maximale des fichiers téléversés est de 250 MB.

Chargement des données

Une fois le dossier de données configuré avec set_datasets_folder(), vous pouvez charger les données de deux façons :

Charger tous les jeux de données

# Charger et combiner tous les jeux de données en un seul data.frame
all_data <- urgenceAviR::load_all_datasets()

# Ou charger les jeux de données séparément dans une liste
datasets_list <- urgenceAviR::load_all_datasets(combine = FALSE)

Charger un jeu de données spécifique

Vous pouvez également charger les jeux de données individuellement :

# Charger les canards de mer
canards <- urgenceAviR::load_canards()

# Charger les eiders en hiver
eiders <- urgenceAviR::load_eider_hiver()

# Charger les garrots
garrots <- urgenceAviR::load_garrot()

# Charger les macreuses
macreuses <- urgenceAviR::load_macreuse()

# Charger les oies
oies <- urgenceAviR::load_oies()

# Charger la sauvagine du fleuve
sauvagine <- urgenceAviR::load_sauvagine_fleuve()

# Charger SOMEC
somec <- urgenceAviR::load_somec()

# Charger BIOMQ
biomq <- urgenceAviR::load_biomq()

# Charger les îles du Nunavik
iles <- urgenceAviR::load_iles_nunavik()

# Charger l'inventaire aérien du Nunavik
inventaire <- urgenceAviR::load_inventaire_aerien_nunavik()

# Charger les colonies atlantiques
atlantic <- urgenceAviR::load_atlantic_colonies()

Jeux de données intégrés

Le package intègre les jeux de données suivants :

Nom du jeu de données	Fichier source	Colonnes requises
Canards de mer	ConsultationCanardsDeMer.csv	NomLieu, LATITUDE, LONGITUDE, Annee, Mois, Jour, NombreTotal, Nom_FR
Eider en hiver	ConsultationEiderHiver.csv	Region, An, Mois, Jour, Species, visuelblancs, visuelbruns, inconnus, LatDec, LongDec
Garrot	ConsultationGarrot.csv	annee, mois, jour, CodeSp, N, Observateurs, Lat, Long, loc_ID
Macreuses	ConsultationMacreuses.csv	Date, Observateur, Espece, Nombre, Longitude, Latitude
Oies des neiges au printemps	ConsultationOieDesNeigesPrintemps.csv	Date, Observateur, Code, Count, Longitude, Latitude
Sauvagine du fleuve Saint-Laurent	ConsultationSauvagineFleuve.csv	Date, Latitude, Longitude, Nombre, Observateur
SRIV	ConsultationSRIV.csv	debut, obslat, obslong, total, obsdro
SOMEC	ConsultationSOMEC.csv	CruiseID, Alpha, StartDate, LatStart, LongStart, Count, ObserverName
BIOMQ	consultationBIOMQ.xlsx	NomCol, CentroideX, CentroideY, NomFR, nb_nicheur, methode, nomRef, Année, MoisDebut, JourDebut
Îles du Nunavik	ConsultationIles_Nunavik.csv	Nom_Ile, Longitude, Latitude, Nom_francais, Nb_compte, Methode_descriptif, Annee, Mois, Jour
Inventaire aérien du Nunavik	ConsultationInventaire_aerien_Nunavik.csv	Obs_ID, Nom_français, Longitude, Latitude, Nb_total_ind, Date, Observateur
Atlantic colonies	all_atlantic_colonies_obs.csv	ColonyId, Species_code.full, Long, Lat, Colony_size, Date, Source, CensusId