inSileco

Gestion Écosystémique & Science des Données en Biodiversité

Solutions Accompagnement Formations

Notre portfolio

Au cours des quatre dernières années, nous nous sommes consacrés à former et à aider des universitaires et des scientifiques gouvernementaux. Forts de notre expérience, nous sommes équipés pour vous conseillez dans la gestion de vos données de biodiversité, améliorer vos analyses statistiques, optimiser votre code R et vous accompagner dans la création d’outils interactifs.

PROJET TIMING WINDOWS - UN OUTIL D’ÉVALUATION DES RISQUES POUR LA PROTECTION DES POISSONS D’EAU DOUCE DURANT LES ÉTAPES CLÉS DE LEUR CYCLE DE VIE

March 27, 2025

Shiny App

Fenêtres temporelles Poissons Stresseurs environnementaux

Le Projet Timing Windows propose un outil scientifique et évolutif à l’échelle nationale pour orienter la protection des espèces de poissons d’eau douce au Canada. Appuyé sur la Base de données nationale sur les fenêtres temporelles (NTWD) et une application web interactive développée avec Shiny—le Calculateur de fenêtres temporelles—le projet permet aux utilisateurs d’identifier les périodes optimales pour réduire les risques écologiques associés aux activités en milieu aquatique, telles que le dragage, l’exploitation de barrages ou les travaux riverains. L’outil intègre des données sur les stades vitaux propres à chaque espèce (frai, migration, développement juvénile), ainsi que des variables environnementales et phénologiques, afin d’évaluer les risques dans des régions et contextes de données variés. À l’aide d’un cadre structuré d’évaluation des risques en cinq étapes, les utilisateurs peuvent analyser les menaces, explorer les fenêtres temporelles et formuler des recommandations. Cette plateforme flexible soutient la prise de décisions éclairées par les gestionnaires environnementaux, les autorités réglementaires et les chercheurs souhaitant harmoniser les mesures de conservation avec la sensibilité biologique des espèces.

University of Guelph & Pêches et Océans Canada

PACKAGE R POUR LA PRÉDICTION DE LA VÉGÉTATION AQUATIQUE SUBMERGÉE DANS LES GRANDS LACS

March 25, 2025

Package R

Science environnementale Modélisation Analyse spatiale

Pêches et Océans Canada (MPO) développe des outils d’aide à la décision pour la gestion de l’habitat des poissons d’eau douce. Le laboratoire de sciences en écologie des poissons a élaboré des modèles pour prédire la présence et la couverture de la végétation aquatique submergée (VAS) dans les Grands Lacs laurentiens, en se basant sur des facteurs tels que le fetch et la profondeur. La VAS est un élément clé de l’habitat des poissons et est souvent affectée par les travaux en milieu aquatique ou les efforts de restauration de l’habitat. Chez inSileco, nous avons développé un package R qui implémente le modèle à forêts aléatoires du MPO afin de rendre ces prédictions accessibles, reproductibles et faciles à intégrer aux flux de travail existants. Le package a été conçu pour soutenir les développements futurs au sein du MPO en standardisant les entrées et sorties, en facilitant l’intégration avec d’autres outils, et en assurant que les méthodes puissent être réutilisées ou étendues selon les besoins.

Pêches et Océans Canada

APPLICATION SHINY POUR LE SYSTÈME DE SOUTIEN À LA GESTION DES PÊCHES (FMSS)

March 20, 2025

Shiny App

Outils d'aide à la décision Modélisationzz Pêches Stratégies de gestion

Le FMSS est un outil d’aide à la décision conçu pour explorer les effets potentiels des mesures de gestion sur les populations de poissons, enseigner aux utilisateurs les principes écologiques de base et aider à formuler des solutions de gestion. Chez inSileco, nous avons intégré le modèle principal — une population structurée par âge et taille soumise à la pêche — dans une application Shiny. Cette application permet aux utilisateurs de sélectionner des paramètres biologiques et des scénarios de pêche, puis de comparer des indicateurs de performance entre différentes stratégies de gestion.

Ministère des ressources naturelles (Ontario)

PRIORISATION DES BASSINS VERSANTS

March 1, 2025

Reproductibilité Package R

Analyse écologique Analyse spatiale Priorisation des bassins versants Outil cartographique interactif

Ce projet de priorisation des bassins versants, dirigé par un chercheur de Pêches et Océans Canada (MPO), vise à identifier les bassins prioritaires à travers le Canada selon quatre objectifs de conservation des poissons d’eau douce : la protection basée sur la superficie, la restauration de l’habitat, la gestion des espèces en péril et la gestion des espèces envahissantes. À l’aide de données spatiales nationales sur la diversité des poissons, les pressions exercées sur les bassins et l’évolution des communautés piscicoles, les zones prioritaires ont été cartographiées selon des critères définis par des experts. inSileco a contribué en mettant à jour l’analyse, en développant un package R pour assurer la reproductibilité complète, et en améliorant l’application Shiny existante afin de permettre aux utilisateurs de générer des cartes personnalisées pour orienter les efforts de conservation.

Pêches et Océans Canada (MPO)

CARTOGRAPHIE DE LA PRESSION EXERCÉE PAR LA PÊCHE COMMERCIALE À PARTIR DE JOURNAUX DE BORD (2000–2020)

February 15, 2025

Évaluation des effets cumulatifs

Pêches commerciales

Ce projet dresse un portrait de l’intensité et de la distribution de la pêche commerciale dans l’est du Canada en utilisant 20 années de données issues des journaux de bord de Pêches et Océans Canada. Plus de 3 millions d’événements de pêche ont été analysés, couvrant 100 espèces et 57 types d’engins. Les données ont été nettoyées, standardisées et intégrées en couches raster mensuelles représentant l’effort de pêche et les débarquements par type d’engin. En classant les engins et en associant les traits des espèces, nous avons produit des indicateurs spatialisés de la pression de pêche—y compris l’effort, les débarquements ciblés et accessoires, et l’activité en fonction de la profondeur. Ce jeu de données à haute résolution permet d’identifier les tendances spatiales et temporelles et appuie les évaluations des effets cumulatifs, la gestion des pêches et la planification de la conservation marine.

Canadian Wildlife Service, Environment and Climate Change Canada

CARTOGRAPHIER LES DÉVERSEMENTS PÉTROLIERS ANTHROPIQUES ET LES ACTIVITÉS INDUSTRIELLES EN MER DANS LE NORD-OUEST DE L’ATLANTIQUE POUR ÉCLAIRER LA CONSERVATION ET LA GESTION MARINES

January 31, 2025

Évaluation des effets cumulatifs

Stresseurs environnementaux Oiseaux marins

Les activités humaines telles que la pollution pétrolière, le trafic maritime et la lumière artificielle posent des menaces croissantes aux écosystèmes marins. Ce projet dresse un portrait intégré des stress anthropiques dans les eaux atlantiques du Canada à travers un jeu de données spatio-temporel à haute résolution couvrant la zone économique exclusive (ZEE) et ses environs. En combinant des sources de données ouvertes et propriétaires — incluant les programmes ISTOP, NASP, NEEC, AIS et les observations VIIRS — nous avons modélisé des couches de risque représentant les pollutions pétrolières, l’infrastructure offshore, le trafic maritime, et l’exposition lumineuse. Ces couches ont été produites à l’aide de chaînes de traitement reproductibles et sont diffusées sous forme de GeoTIFFs optimisés pour le cloud, accompagnées de métadonnées détaillées. Notre approche soutient une gestion écosystémique des océans fondée sur les données, en comblant d’importantes lacunes pour l’évaluation des effets cumulatifs et la planification de la conservation, notamment pour des espèces vulnérables comme l’océanite cul-blanc.

Canadian Wildlife Service, Environment and Climate Change Canada

EFFETS CUMULATIFS DES CHANGEMENTS GLOBAUX SUR LES RÉSEAUX TROPHIQUES DU SYSTÈME SAINT-LAURENT

January 24, 2025

Évaluation des effets cumulatifs

Effets cumulatifs Stresseurs environnementaux Réseaux trophiques

La biodiversité s’étend au-delà des espèces, englobant diverses interactions cruciales pour la dynamique écologique et le fonctionnement des écosystèmes. Pourtant, ces interactions restent largement négligées dans la gestion environnementale. Nous évaluons ici les effets cumulatifs de 18 stresseurs environmentaux sur 193 espèces entre 2010 et 2015 dans l’écosystème marin du Saint-Laurent, dans l’est du Canada. Nous utilisons une nouvelle approche qui considère explicitement les effets moins évidents mais non moins significatifs découlant des interactions entre espèces dans un cadre de multiples facteurs de stress. Nous découvrons des menaces négligées, en particulier pour les poissons et les mammifères marins exploités ou menacés. Cela met en évidence des lacunes potentiellement importantes dans les stratégies de gestion et de rétablissement qui négligent généralement les interactions. Notre nouvelle approche écosystémique comble ce vide en intégrant les effets moins évidents mais non moins significatifs découlant des interactions entre espèces dans un cadre de multiples facteurs de stress.

APPLICATION SHINY DE SUIVI DES OISEAUX DU NUNATSIAVUT

January 16, 2025

Shiny App

Géocomputation VIsualisation de mouvement d'oiseaux Pipeline de données

Dans le cadre d’une initiative pluriannuelle, le gouvernement Nunatsiavut, en partenariat avec Environnement et Changement climatique Canada ainsi que SeaDuck Joint Venture, suit les oiseaux marins afin de mieux comprendre leur origine, leurs habitats clés et les menaces qu’ils affrontent lors de leurs trajets vers et depuis les terres et eaux des Inuits du Labrador. Ces projets ont été développés en réponse aux préoccupations et priorités des communautés concernant les populations d’oiseaux et les ressources alimentaires sauvages. Nous avons conçu une application Shiny pour offrir une interface utilisateur intuitive permettant de visualiser ces données. De plus, nous avons créé un pipeline de données pour garantir que les informations dans l’application soient toujours à jour, assurant un suivi et une gestion fluide des observations d’oiseaux.

Michelle Saunders, Nunatsiavut Government

SHINY APP POUR LE PROJET GOTEDNA

September 30, 2024

Shiny App

Géocomputation Visualisation de données eDNA

Nous avons contribué à la conception et au développement d’une application Shiny pour le projet GOTeDNA, qui a pour but de fournir des conseils sur les périodes optimales d’échantillonnage d’ADN environnemental pour des programmes de surveillance efficaces. Notre équipe a travaillé en étroite collaboration avec l’équipe de GOTeDNA pour créer un outil intuitif qui permet aux chercheurs de saisir des données environnementales, d’analyser les conditions d’échantillonnage et de recevoir des recommandations sur les meilleurs moments d’échantillonnage. En combinant notre expertise technique dans le développement d’applications Shiny avec les principes scientifiques de GOTeDNA, nous avons soutenu l’optimisation et l’interprétation des stratégies d’échantillonnage d’ADN environnemental pour la surveillance de la biodiversité.

Anaïs Lacoursière, Pêches et Océans Canada

SOUTIEN AUX PLANS DE GESTION DES DONNÉES DU PROGRAMME DE RECHERCHE ARCTICNET

June 6, 2024

Research Data Management

Gestion de données Plan de gestion de données

Le programme de recherche ArcticNet est un réseau canadien de plus de 230 chercheurs étudiant la santé humaine, les sciences naturelles et les sciences sociales de l’Arctique. Nous avons aidé les chercheurs principaux à adopter les meilleures pratiques en matière de gestion des données en examinant la gestion de leurs plans de données à la lumière des principes FAIR.

ArcticNet, Université Laval

EFFETS CUMULATIFS DES CHANGEMENTS GLOBAUX SUR LES RÉSEAUX TROPHIQUES DU SYSTÈME SAINT-LAURENT

April 18, 2024

Évaluation des effets cumulatifs

Effets cumulatifs Stresseurs environnementaux Réseaux trophiques

DÉVELOPPER UN OUTIL SUR LES EFFETS CUMULATIFS POUR LES CÉTACÉS EN PÉRIL SUR LE PLATEAU NÉO-ÉCOSSAIS

March 31, 2024

Évaluation des effets cumulatifs

Effets cumulatifs Stresseurs environnementaux Réseaux trophiques Mammifères marins

L’objectif de ce projet était de mettre à jour l’évaluation des effets cumulatifs sur les réseaux trophiques de la biorégion du plateau néo-écossais avec de nouvelles données du ministère des Pêches et des Océans sur la répartition de l’habitat des baleines à bec et les relations trophiques, et de créer une preuve de concept interactive. application pour explorer l’évaluation à l’échelle de l’espèce. Les résultats attendus de ce projet étaient d’améliorer notre compréhension des espèces de baleines à bec en voie de disparition et de la dynamique de leurs écosystèmes, conduisant finalement à des stratégies de gestion plus efficaces et à des processus décisionnels mieux informés.

Pêches et Oceans Canada

ÉVALUATION DES EFFETS CUMULATIFS DES CHANGEMENTS GLOBAUX SUR LES HABITATS ET LES ESPÈCES DU PLATEAU NÉO-ÉCOSSAIS

March 31, 2024

Évaluation des effets cumulatifs

Effets cumulatifs Stresseurs environnementaux Réseaux trophiques Habitats

Récemment, deux analyses indépendantes réalisées pour le plateau néo-écossais ont cherché à évaluer les effets cumulatifs sur les espèces (Beauchesne et al. 2023) et les habitats (Murphy et Kelly 2023). Le but de ce projet était de combiner les deux évaluations en une évaluation des effets cumulatifs à l’échelle de l’écosystème qui prend en compte les effets directs sur les habitats et les espèces ainsi que les effets indirects sur les espèces découlant des interactions entre les espèces et de l’utilisation de l’habitat. Il aboutit à l’évaluation des effets cumulatifs de 17 facteurs de stress environnementaux sur 21 habitats et 205 espèces de la biorégion du plateau néo-écossais.

Pêches et Oceans Canada

SUPPORT À LA GESTION DES DONNÉES DE SUIVIS ÉCOSYSTÉMIQUES DE L'ÎLE BYLOT

February 29, 2024

Gestion de données de recherche

Gestion de données Infrastructure de données

Après 30 ans de collecte de données sur l’île Bylot, les chercheurs ont généré plus de 20 bases de données utilisées pour des suivis écosystémiques à long terme. Dans ce projet, nous avons analysé les défis spécifiques liés à ces données et nous avons proposé des solutions concrètes pour en améliorer la gestion.

Pierre Legagneux, Université Laval

SYSTÈME DE CLASSIFICATION ÉCOLOGIQUE DU SUD DU QUÉBEC

January 26, 2024

Repoductibilité

Géocomputation Classification supervisée Écologie forestière

Le Ministère des Ressources naturelles et des Forêts (MRNF) a mené un inventaire écologique exhaustif du Québec méridional, impliquant plus de 25 000 points d’observation, utilisé pour développer un système hiérarchique de classification écologique. Ce système repose sur la classification de la végétation à partir des données d’inventaire et permet de définir des groupes d’espèces indicatrices, des types forestiers et des végétations potentielles. La classification joue un rôle majeur en termes d’aménagement et est soumise à une évaluation continue, notamment en raison des changements climatiques. Nous avons contribué à soutenir une partie des travaux de recherche sur ces classifications en rendant des analyses récentes entièrement reproductibles grâce à la création d’un paquet R.

Pierre Grondin, Ministère des Ressources naturelles et des Forêts

EFFETS CUMULATIFS DES CHANGEMENTS GLOBAUX SUR LES RÉSEAUX TROPHIQUES DU PLATEAU NÉO-ÉCOSSAIS

March 31, 2023

Évaluation des effets cumulatifs

Effets cumulatifs Stresseurs environnementaux Réseaux trophiques

Évaluation des effets cumulatifs de 17 facteurs environnementaux (climat : 4 ; côtier : 6, pêches : 5 ; trafic maritime : 2) sur 205 espèces (espèces marines : 172 ; mammifères marins : 8 ; oiseaux marins : 25) de la rivière Écossaise. Biorégion du plateau continental de l’est du Canada.

Pêches et Oceans Canada

EFFETS CUMULATIFS DES ACTIVITÉS MARITIMES DANS LE SAINT-LAURENT ET LA RIVIÈRE SAGUENAY

March 15, 2023

Évaluation des effets cumulatifs

Effets cumulatifs Stresseurs environnementaux Composants valorisés

Évaluation des effets cumulatifs de 7 stresseurs environnementaux provenant des activités des navires sur l’intégrité des berges, les habitats, les mammifères marins et les zones d’intérêt culturel, patrimonial et archéologique du fleuve Saint-Laurent et du Saguenay.

Transport Canada

DÉVELOPER DES APPLICATIONS SHINY

November 24, 2022

Atelier

R Shiny App

Lors de cet atelier nous avons montré comment construire des applications web Shiny.

Canadian Wildlife Service, Environment and Climate Change Canada

SUPPORT À LA MISE EN PLACE DU COURS SCI 1031 DE LA TÉLUQ

June 27, 2022

Matériel d'apprentissage

Géocomputation GitHub Deploiement

Nous avons aidé à structurer le répertoire GitHub et automatiser le déploiement du cours SCI 1031 de la TÉLUQ. Nous avons aussi contribué à la rédaction de portions de deux chapitres du cours.

Élise Filotas, TÉLUQ

APPLICATION SHINY POUR LA PRODUCTION DE RAPPORTS REPRODUCTIBLES

March 1, 2022

Application Shiny

Géocomputation Production de rapports GitHub

Nous avons développé une application Shiny pour générer des rapports reproductibles sur les espèces en péril. Après la parution de la deuxième version de l’application, nous avons amélioré les capacités du personnel du MPO en offrant une formation pour maintenir et développer davantage l’application. L’application est désormais activement maintenue et développée par le MPO (voir le Dépôt du MPO).

Pêches et Océans Canada

AUGMENTER VOTRE COLLABORATIVITÉ AVEC GIT ET GITHUB

February 18, 2022

Atelier

R Git GitHub

Lors de cet atelier, nous avons montré comment collaborer concrètement et efficacement sur des projets avec git et GitHub.

Canadian Wildlife Service, Environment and Climate Change Canada

À distance

VISUALISATION INTERACTIVE DE RASTER AVEC R

March 23, 2021

Atelier

R Géocomputation Visualisation

Lors de cet atelier, nous avons montré, sur des exemples concrets, comment manipuler et visualiser des données spatiales avec R.

Canadian Wildlife Service, Environment and Climate Change Canada

RENDRE VOS PROCESSUS DE TRAVAIL REPRODUCTIBLES

March 1, 2021

Atelier

R R Markdown Reproducibility

Lors de cet atelier, nous avons discuté des enjeux liés à la reproductibilité et nous avons montré comment organiser son processus de travail avec R.

Bedford Institute of Oceanography, Fisheries and Oceans Canada

VISUALISATION INTERACTIVE DE RASTER AVEC R

January 12, 2021

Atelier

R Géocomputation Visualisation

Lors de cet atelier, nous avons montré la puissance des outils R pour manipuler et visualiser efficacement les fichiers de type raster.

Bedford Institute of Oceanography, Fisheries and Oceans Canada

EDRIVERS

June 24, 2020

Application Shiny

R Géocomputation Visualisation Stresseurs environnementaux Saint-Laurent

eDrivers est une plateforme de connaissances ouverte axée sur le partage de connaissances sur la répartition et l’intensité des facteurs environnementaux tels que le transport maritime et la pêche commerciale. Cette application propose une interface utilisateur permettant de visualiser la répartition et l’intensité des stresseurs individuels et combinés dans l’estuaire et le golfe du Saint-Laurent.