Dans le cadre d’une initiative pluriannuelle, le gouvernement Nunatsiavut, en partenariat avec Environnement et Changement climatique Canada ainsi que SeaDuck Joint Venture, suit les oiseaux marins afin de mieux comprendre leur origine, leurs habitats clés et les menaces qu’ils affrontent lors de leurs trajets vers et depuis les terres et eaux des Inuits du Labrador. Ces projets ont été développés en réponse aux préoccupations et priorités des communautés concernant les populations d’oiseaux et les ressources alimentaires sauvages. Nous avons conçu une application Shiny pour offrir une interface utilisateur intuitive permettant de visualiser ces données. De plus, nous avons créé un pipeline de données pour garantir que les informations dans l’application soient toujours à jour, assurant un suivi et une gestion fluide des observations d’oiseaux.
Michelle Saunders, Nunatsiavut Government

Nous avons contribué à la conception et au développement d’une application Shiny pour le projet GOTeDNA, qui a pour but de fournir des conseils sur les périodes optimales d’échantillonnage d’ADN environnemental pour des programmes de surveillance efficaces. Notre équipe a travaillé en étroite collaboration avec l’équipe de GOTeDNA pour créer un outil intuitif qui permet aux chercheurs de saisir des données environnementales, d’analyser les conditions d’échantillonnage et de recevoir des recommandations sur les meilleurs moments d’échantillonnage. En combinant notre expertise technique dans le développement d’applications Shiny avec les principes scientifiques de GOTeDNA, nous avons soutenu l’optimisation et l’interprétation des stratégies d’échantillonnage d’ADN environnemental pour la surveillance de la biodiversité.
Anaïs Lacoursière, Pêches et Océans Canada

Le programme de recherche ArcticNet est un réseau canadien de plus de 230 chercheurs étudiant la santé humaine, les sciences naturelles et les sciences sociales de l’Arctique. Nous avons aidé les chercheurs principaux à adopter les meilleures pratiques en matière de gestion des données en examinant la gestion de leurs plans de données à la lumière des principes FAIR.
ArcticNet, Université Laval

La biodiversité s’étend au-delà des espèces, englobant diverses interactions cruciales pour la dynamique écologique et le fonctionnement des écosystèmes. Pourtant, ces interactions restent largement négligées dans la gestion environnementale. Nous évaluons ici les effets cumulatifs de 18 stresseurs environmentaux sur 193 espèces entre 2010 et 2015 dans l’écosystème marin du Saint-Laurent, dans l’est du Canada. Nous utilisons une nouvelle approche qui considère explicitement les effets moins évidents mais non moins significatifs découlant des interactions entre espèces dans un cadre de multiples facteurs de stress. Nous découvrons des menaces négligées, en particulier pour les poissons et les mammifères marins exploités ou menacés. Cela met en évidence des lacunes potentiellement importantes dans les stratégies de gestion et de rétablissement qui négligent généralement les interactions. Notre nouvelle approche écosystémique comble ce vide en intégrant les effets moins évidents mais non moins significatifs découlant des interactions entre espèces dans un cadre de multiples facteurs de stress.

L’objectif de ce projet était de mettre à jour l’évaluation des effets cumulatifs sur les réseaux trophiques de la biorégion du plateau néo-écossais avec de nouvelles données du ministère des Pêches et des Océans sur la répartition de l’habitat des baleines à bec et les relations trophiques, et de créer une preuve de concept interactive. application pour explorer l’évaluation à l’échelle de l’espèce. Les résultats attendus de ce projet étaient d’améliorer notre compréhension des espèces de baleines à bec en voie de disparition et de la dynamique de leurs écosystèmes, conduisant finalement à des stratégies de gestion plus efficaces et à des processus décisionnels mieux informés.
Pêches et Oceans Canada

Récemment, deux analyses indépendantes réalisées pour le plateau néo-écossais ont cherché à évaluer les effets cumulatifs sur les espèces (Beauchesne et al. 2023) et les habitats (Murphy et Kelly 2023). Le but de ce projet était de combiner les deux évaluations en une évaluation des effets cumulatifs à l’échelle de l’écosystème qui prend en compte les effets directs sur les habitats et les espèces ainsi que les effets indirects sur les espèces découlant des interactions entre les espèces et de l’utilisation de l’habitat. Il aboutit à l’évaluation des effets cumulatifs de 17 facteurs de stress environnementaux sur 21 habitats et 205 espèces de la biorégion du plateau néo-écossais.
Pêches et Oceans Canada

Après 30 ans de collecte de données sur l’île Bylot, les chercheurs ont généré plus de 20 bases de données utilisées pour des suivis écosystémiques à long terme. Dans ce projet, nous avons analysé les défis spécifiques liés à ces données et nous avons proposé des solutions concrètes pour en améliorer la gestion.
Pierre Legagneux, Université Laval

Le Ministère des Ressources naturelles et des Forêts (MRNF) a mené un inventaire écologique exhaustif du Québec méridional, impliquant plus de 25 000 points d’observation, utilisé pour développer un système hiérarchique de classification écologique. Ce système repose sur la classification de la végétation à partir des données d’inventaire et permet de définir des groupes d’espèces indicatrices, des types forestiers et des végétations potentielles. La classification joue un rôle majeur en termes d’aménagement et est soumise à une évaluation continue, notamment en raison des changements climatiques. Nous avons contribué à soutenir une partie des travaux de recherche sur ces classifications en rendant des analyses récentes entièrement reproductibles grâce à la création d’un paquet R.
Pierre Grondin, Ministère des Ressources naturelles et des Forêts

Évaluation des effets cumulatifs de 17 facteurs environnementaux (climat : 4 ; côtier : 6, pêches : 5 ; trafic maritime : 2) sur 205 espèces (espèces marines : 172 ; mammifères marins : 8 ; oiseaux marins : 25) de la rivière Écossaise. Biorégion du plateau continental de l’est du Canada.
Pêches et Oceans Canada

Évaluation des effets cumulatifs de 7 stresseurs environnementaux provenant des activités des navires sur l’intégrité des berges, les habitats, les mammifères marins et les zones d’intérêt culturel, patrimonial et archéologique du fleuve Saint-Laurent et du Saguenay.
Transport Canada

Lors de cet atelier nous avons montré comment construire des applications web Shiny.
Canadian Wildlife Service, Environment and Climate Change Canada
À distance

Nous avons aidé à structurer le répertoire GitHub et automatiser le déploiement du cours SCI 1031 de la TÉLUQ. Nous avons aussi contribué à la rédaction de portions de deux chapitres du cours.
Élise Filotas, TÉLUQ

Nous avons développé une application Shiny pour générer des rapports reproductibles sur les espèces en péril. Après la parution de la deuxième version de l’application, nous avons amélioré les capacités du personnel du MPO en offrant une formation pour maintenir et développer davantage l’application. L’application est désormais activement maintenue et développée par le MPO (voir le Dépôt du MPO).
Pêches et Océans Canada

Lors de cet atelier, nous avons montré comment collaborer concrètement et efficacement sur des projets avec git et GitHub.
Canadian Wildlife Service, Environment and Climate Change Canada
À distance

Lors de cet atelier, nous avons montré, sur des exemples concrets, comment manipuler et visualiser des données spatiales avec R.
Canadian Wildlife Service, Environment and Climate Change Canada
À distance

Lors de cet atelier, nous avons discuté des enjeux liés à la reproductibilité et nous avons montré comment organiser son processus de travail avec R.
Bedford Institute of Oceanography, Fisheries and Oceans Canada
À distance

Lors de cet atelier, nous avons montré la puissance des outils R pour manipuler et visualiser efficacement les fichiers de type raster.
Bedford Institute of Oceanography, Fisheries and Oceans Canada
À distance

eDrivers est une plateforme de connaissances ouverte axée sur le partage de connaissances sur la répartition et l’intensité des facteurs environnementaux tels que le transport maritime et la pêche commerciale. Cette application propose une interface utilisateur permettant de visualiser la répartition et l’intensité des stresseurs individuels et combinés dans l’estuaire et le golfe du Saint-Laurent.