Rédiger une fois, diffuser partout : la rédaction reproductible pour l'académique et l'industrie

Si vous rédigez régulièrement des rapports, des articles ou des documents techniques, vous passez probablement un temps conséquent sur des tâches autres que de la rédaction : mise en forme, nettoyage de chaque version, corrections de citations de dernière minute, et réconciliation de plusieurs fichiers avant les échéances. In ne s’agit pas des cas rares. Ce sont des irritants fréquents, en milieu académique comme en entreprise, qui surviennent à cause des frictions du flux de travail plutôt que par la qualité de l’écriture.

Nous le savons parce que nous l’avons vécu. Au fil des années, nous avons produit des manuscrits académiques, des rapports techniques, des livrables clients et des notes internes dans pour des projets aux enjeux bien réels. Dans la plupart des cas, la partie la plus difficile n’était pas de formuler les idées, mais tout ce qu’il y avait à faire pour lors des premiers jets : reformater le même contenu pour différents rendus, corriger les références tardivement et coordonner les révisions entre collaborateurs.

La bonne nouvelle, c’est que cette surcharge est évitable. Nous ne l’avons pas résolue du jour au lendemain, mais après avoir testé plusieurs outils et configurations. Nous avons conservé les pratiques qui réduisaient les frictions à la reprise de travail et abandonné celles qui ajoutaient de la complexité. Le flux de travail présenté dans cet article est le résultat de ce processus : un système pratique que nous utilisons maintenant pour garder des documents reproductibles et publier des rendus cohérents en PDF, Word et HTML.

La suite présente notre approche éprouvée, partagée pour que vous puissiez en tirer les bénéfices plus rapidement que nous.

En pratique, ce flux de travail repose sur cinq outils, chacun répondant à une partie précise du problème :

• Markdown comme source unique pour la rédaction
• Zotero pour la gestion des références
• Better BibTeX pour des clés de citation stables et l’export de bibliographie
• Quarto pour un rendu reproductible
• VS Code (ou Positron ) comme environnement de rédaction

L’objectif est simple : écrire une fois, générer plusieurs formats et conserver un document reproductible.

Si vous voulez savoir tout de suite ce que vous y gagnez, allez directement à la section sur les compromis et les bénéfices .

À qui s’adresse ce flux de travail

Cette configuration est utile si vous :

• rédigez régulièrement des articles, des rapports ou des documents techniques longs
• mettez régulièrement à jour les mêmes documents avec peu de changements
• avez besoin de citations et de bibliographies
• voulez générer du HTML, du PDF et du Word à partir d’une seule source
• collaborez via GitHub/GitLab ou des dossiers partagés
• voulez un flux de travail qui passe de « texte unique » à « analyse + narratif »

Le flux de travail en un schéma

Pensez en cinq étapes :

1. Rédiger en Markdown (.md ou .qmd)
2. Citer avec Zotero + Better BibTeX
3. Exécuter du code d’analyse au besoin (optionnel)
4. Générer les formats cibles (HTML/PDF/DOCX)
5. Collaborer avec le contrôle de version et la revue

Cet ordre est important, car il garde le contenu et la structure stables, tandis que la mise en forme et les sorties restent flexibles.

1) Rédiger en Markdown

Markdown est un langage de balisage léger en texte brut. Au lieu d’appliquer des styles visuels avec une barre d’outils, vous ajoutez une syntaxe simple (par exemple # pour les titres ou - pour les listes) qui peut ensuite être rendue en sorties soignées.

Pour la rédaction reproductible, c’est important parce que :

• le texte brut est durable et portable
• les différences sont facilement lisibles avec l’outil de contrôle de version (plus d’infos ci-dessous )
• le contenu est séparé de la présentation
• la conversion vers d’autres formats est simple

Voici un exemple minimal :

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# Titre

Ceci est un paragraphe avec une citation [@smith2021].

- premier point
- deuxième point

Pour des documents courts, un fichier .md peut suffire. Pour des projets avec citations, renvois croisés, code exécutable et sorties multiples, utilisez Quarto (.qmd) par-dessus Markdown (voir ci-dessous ).

Si vous débutez avec Markdown, voici de bons points de départ :

• Markdown Guide: Basic Syntax
• Quarto: Markdown Basics
• Pandoc Markdown

2) Gérer les références avec Zotero (+ Better BibTeX)

En équipe, nous utilisons des gestionnaires de références depuis presque deux décennies. Nous nous y appuyons parce qu’ils résolvent des problèmes récurrents dans la rédaction de documents professionnels :

• ils centralisent les références et les PDF joints dans une bibliothèque dans laquelle il est aisé de chercher
• ils réduisent les erreurs de citation et les incohérences de format
• ils permettent de changer rapidement de style bibliographique sans avoir besoin de réécrire les références à la main
• ils facilitent la collaboration en gardant des données de référence structurées et réutilisables
• ils accélèrent les révisions de fin de parcours quand des sources sont ajoutées ou retirées

Au fil du temps, nous avons utilisé plusieurs outils, dont Mendeley et EndNote . Notre choix depuis presque dix ans est Zotero , parce qu’il s’aligne sur notre culture technique et organisationnelle :

• gratuit et open source (GitHub )
• maintenu par un organisme à but non lucratif (la Corporation for Digital Scholarship )
• soutenu par une communauté active et une documentation solide (documentation utilisateur , documentation développeur )
• extensible via des plugins, notamment Better BibTeX pour les flux de travail orientés texte

Au quotidien, Zotero nous fournit les capacités pratiques dont nous avons besoin : récupération des métadonnées, collections et étiquettes, détection des doublons, prise en charge des styles de citation et export bibliographique fiable. Consultez la documentation Zotero pour plus d’informations sur les fonctionnalités disponibles.

Better BibTeX

Si vous utilisez des fichier BibTex (et plus probablement BibLatex), Better BibTeX est un complément incontournable :

• des clés de citation stables
• export automatique de la bibliographie en .bib
• moins d’étapes manuelles pendant la rédaction

Vous trouverez tout ce qu’il faut savoir sur Better BibTeX sur le site de documentation . Si vous voulez aller plus loin, le code source est disponible sur GitHub , où vous pouvez aussi accéder à la dernière version. Ensuite, consultez Plugins for Zotero pour l’installer dans Zotero.

3) Utiliser Quarto comme outil de rédaction et de publication

Si vous découvrez Quarto pour la première fois à cette lecture, le plus simple est de le voir comme un cadre de rédaction et de publication conçu pour l’écriture technique et scientifique. Vous rédigez des fichiers source en texte brut (.qmd), et Quarto gère le rendu, la structure du document et les formats de sortie de manière cohérente.

Sous le capot, Pandoc fait le gros du travail de conversion. Pandoc est un excellent outil pour « convertir des fichiers d’un format de balisage à un autre » ; c’est un composant essentiel de nombreux cadres de rédaction qui produisent des documents dynamiques combinant code et texte, comme Quarto.

Quarto repose sur Pandoc et propose un flux de travail plus intuitif : valeurs par défaut au niveau du projet, meilleure gestion des citations et des renvois croisés, et rendus prévisibles entre collaborateurs.

Quarto est utile quand vous avez besoin de :

• partir d’un document source et générer plusieurs sorties
• gérer code + narration dans le même document (ex: introduire figures et tableaux automatiquement dans un rapport)
• références croisées pour figures/tableaux/sections
• paramètres par défaut de projet via _quarto.yml

Exemple minimal de projet

Métadonnées Quarto stockées dans _quarto.yml :

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# _quarto.yml
project:
  type: default

format:
  html:
    toc: true
  pdf:
    toc: true
  docx: default

Document Quarto stocké dans un fichier *.Qmd :

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---
title: "Rapport d'exemple"
author: "Votre nom"
bibliography: references.bib
---

# Introduction

Citer une source est simple : voir @smith2021.

Commandes de rendu (voir la documentation CLI de Quarto ) :

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quarto render report.qmd
quarto render report.qmd --to pdf
quarto render report.qmd --to docx

Guide de décision : Markdown seul vs Quarto

Utilisez Markdown (.md) seul quand :

• le document est court
• aucun code exécutable n’est nécessaire
• les besoins de conversion sont limités

Utilisez Quarto (.Qmd) quand :

• vous avez besoin de citations robustes et de références croisées
• le code d’analyse doit s’exécuter avec le document
• plusieurs formats de sortie sont requis
• vous voulez un rendu cohérent entre collaborateurs

4) Rédiger dans VS Code (ou Positron)

Écrire dans un éditeur de code est utile : cela permet de séparer le contenu de la présentation. En pratique, cela signifie moins de temps perdu à lutter avec la mise en forme et plus de temps à améliorer les idées.

Notre parcours a été le suivant: LaTeX dans Sublime Text, puis Markdown dans Atom, et maintenant VS Code pour la plupart des projets de rédaction longue.

Comme éditeur généraliste, VS Code est une base solide :

• édition Markdown mature
• large écosystème d’extensions
• bonne adéquation avec les projets mêlant rédaction et développement logiciel

Pour les citations dans VS Code, vous pouvez utiliser soit une extension de sélection de citations orientée Zotero, soit un sélecteur de citations basé sur BibTeX. Les deux approches fonctionnent tant que votre projet pointe vers un fichier bibliographique.

Si vous utilisez R, en particulier si vous venez de RStudio, Positron est une suite logique, car il conserve une base proche de VS Code tout en ajoutant une couche IDE (integrated development environment) davantage orientée analyse.

Pour ce flux de travail, Positron apporte des bénéfices pratiques au-dessus de VS Code :

• une interface conçue pour les flux code + prose
• un environnement familier pour les utilisateurs habitués aux workflows d’analyse de données type RStudio
• une excellente adéquation avec les projets Quarto où rédaction, rendu et analyse avancent ensemble

Notre recommandation :

• choisissez VS Code si vous voulez un flux orienté éditeur généraliste et que vous travaillez dans plusieurs langages
• choisissez Positron si vos rapports sont fortement couplés à des analyses R, Python ou Julia et que vous voulez un ressenti IDE plus proche de RStudio

5) Pratiques de collaboration et de reproductibilité

Les outils aident, mais le processus compte tout autant. L’idée clé est de conserver une source de vérité unique pour chaque document et de suivre chaque changement de cette source.

Si le contrôle de version est nouveau pour vous, voyez-le comme un historique structuré de votre projet. Avec Git , chaque point de sauvegarde (un commit) enregistre ce qui a changé, quand, et pourquoi. C’est utile aussi bien pour le travail seul que pour le travail en équipe, car cela vous permet de :

• retrouver des versions antérieures sans créer une multitude de fichiers du type « final_v2_final_final »
• relire les modifications clairement avant de les accepter
• coordonner les contributions de plusieurs collaborateurs
• garder texte, code, citations et sorties alignés dans le temps

Dans cette configuration, Git est le moteur de contrôle de version, tandis que des plateformes comme GitHub et GitLab sont des couches d’hébergement optionnelles pour partager des dépôts, relire les changements et collaborer de façon asynchrone.

En pratique, nous appliquons les règles suivantes :

• garder un dépôt Git par projet de rédaction (article, rapport ou même livre!)
• faire des commits fréquents sur les fichiers source avec des messages clairs (par exemple : « réviser l’introduction » ou « mettre à jour les citations »)
• valider ensemble les changements de texte et de code lorsqu’ils relèvent de la même mise à jour analytique
• créer des branches et des Pull Requests (PR) en collaboration
• éviter les retouches manuelles de formatage directement dans les exports Word/PDF finaux
• régénérer les sorties (HTML/PDF/DOCX) depuis la source à chaque jalon
• versionner les fichiers de bibliographie (.bib) et de style de citation (.csl) avec le projet

Même si vous commencez seul, cette structure devient vite rentable. Elle réduit les conflits de fusion plus tard et rend votre processus de rédaction traçable et reproductible, des première ébauches à la livraison finale. Cette approche est aussi utile sur le long terme : revisiter d’anciens projets devient beaucoup plus simple, ce que nous avons constaté de nombreuses fois dans notre propre travail.

Voici un exemple une structure de projet légère pour un rapport :

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report-project/
  _quarto.yml
  report.qmd
  references.bib
  apa.csl
  data/
  figures/

Compromis et bénéfices attendus

Adopter un flux de rédaction reproductible n’est pas sans friction. Il y a un coût initial, mais pour les travaux de reporting récurrents, le retour sur investissement vaut assurément l’effort.

Pour des documents ponctuels, cette approche peut sembler lourde. Pour des rapports récurrents et des projets d’analyse collaboratifs, c’est généralement un excellent investissement à long terme. Cet investissement vous amènera aussi à utiliser ce flux sur la plupart de vos documents ponctuels une fois les outils et les processus maîtrisés.

Points clés à retenir

Pour la plupart des équipes, cette pile de technologies est un bon choix par défaut :

• Markdown pour un texte source durable
• Zotero + Better BibTeX pour les références
• Quarto pour une publication reproductible multi-format
• Positron ou VS Code pour la rédaction au quotidien

Le résultat est un processus de rédaction plus facile à relire, plus facile à reproduire et plus facile à maintenir dans le temps.

Si vous voulez mettre en place ce flux dans votre équipe, nous pouvons vous aider de bout en bout : outillage, modèles et pipelines de reporting automatisés. Contactez-nous pour discuter de votre contexte et de vos contraintes!